Overslaan en naar de inhoud gaan

Mariene biodiversiteit van Nederland

Oscar Bos en Stefan Verheyen

Toegang tot de data

Wil je data uit het Nederlands Soortenregister downloaden of via een API benaderen? Dat kan; er is een viertal mogelijkheden om data te exporteren, die we hieronder kort toelichten.

Zoekresultaten exporteren als CSV-bestand
Zoekresultaten van zowel de zoekbalk als het uitgebreide zoekscherm kunnen als CSV-bestand worden geëxporteerd, via de optie “Exporteer (als CSV)” in de linkerkolom.

Hoewel bij het Nederlandse soortenregister dit exportbestand uit velden bestaat die niet door komma’s maar door tabs gescheiden zijn, kunnen deze worden ingelezen in een spreadsheet-programma zoals Microsoft Excel, Google sheets of LibreOffice Calc:

  1. Excel. Er is een tussenstap is nodig om de sheet in te lezen. In de Windows verkenner (of Finder bij een Mac) verander je extensie “csv” in “txt” en negeer je de waarschuwing. Zorg ervoor dat extensie ook daadwerkelijk getoond wordt (dus dat “.txt” in de bestandsnaam zichtbaar is). Start Excel en open vervolgens het bestand in een lege Excel pagina (niet dubbelklikken!). Je krijgt dan een Text Import Wizard met drie stappen. Klik twee keer op next en dan op finish. Je hebt nu een Excel bestand met de informatie in kolommen.
  2. Google.spreadsheet: bestand aanklikken en daarna openen met google.spreadsheets. Je hebt nu een bestand met de informatie in kolommen.
  3. LibreOffice Calc: bestand aanklikken en er volgt een import wizard. Zorg ervoor dat bij Separator options, “Separated by: Tab” is aangevinkt. Klik OK en je hebt nu een bestand met de informatie in kolommen.

Dit CSV-bestand bevat een beperkte set gegevens van de taxa in de zoekresultaten. De volgende drie velden worden geëxporteerd: wetenschappelijke naam, Nederlandse voorkeursnaam en een URL naar de webpagina van het taxon. Met de filters kun je de zoekresultaten verkleinen. 

Je kunt maximaal 5.000 zoekresultaten downloaden. Indien je meer records wil, stuur dan een email naar soortenregister@naturalis.nl.

Export op maat aanvragen
Heb je meer gegevens nodig dan de CSV-export van de zoekresultaten (bijv. meer velden of gegevens van meer dan 5.000 taxa)? Dan kun je contact opnemen met soortenregister@naturalis.nl om een export op maat aan te vragen. Graag bij het verzoek duidelijk aangeven van welke taxa gegevens nodig zijn, en welke velden (zoals namen, hogere classificatie, kenmerken) in de export opgenomen moeten worden.

Een export op maat wordt per e-mail geleverd als CSV- of Excel-bestand, meestal binnen één tot drie weken.

Checklist als DarwinCore-Archive
Het Nederlands Soortenregister is ook als checklist beschikbaar via de Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Deze wordt periodiek geüpdate en loopt altijd iets achter bij www.nederlandsesoorten.nl. Via GBIF is de data op allerlei manieren doorzoekbaar, en ook in zijn geheel of gedeeltelijk te downloaden als DarwinCore-Archive (DwCA); gebruik daarvoor deze link.

Deze download levert een zip-bestand op met daarin een aantal txt-bestanden in het DarwinCore-formaat, een standaard voor biodiversiteitsdata. Het bestand taxa.txt bevat de soortenlijst. Ook deze bestanden kunnen in een spreadsheetprogramma worden ingelezen.

API
Als je als bijvoorbeeld softwareontwikkelaar of data-wetenschapper geautomatiseerde toegang tot de taxonomische boom, multimedia of soortteksten van het Nederlands Soortenregister nodig hebt, kun je gebruik maken van de Netherlands Biodiversity API van Naturalis. Gebruik daartoe de taxonomic dataservices en zoek specifiek op ‘sourceSystem.code’ = NSR. De data wordt uitgeserveerd in de vorm van Javascript Object Notation (JSON) documenten. Voor meer informatie, lees hier de uitgebreide technische documentatie.

Een voorbeeld van gebruik van het Nederlands Soortenregister via deze API vind je op Waarneming.nl, waar soortbeschrijvingen worden opgevraagd en gepresenteerd. Zie bijvoorbeeld de slakkenaaskever.

Gebruiksvoorwaarden / licentie
De soortenlijst van het Nederlands Soortenregister (taxonomische boom, classificatie, soortnamen, kenmerken) zijn beschikbaar onder een Creative Commons BY licentie en mogen vrij worden gebruikt mits de bron wordt vermeld.

Van de foto’s in het Nederlands Soortenregister berust het auteursrecht bij de fotografen. Een groot deel is echter onder Creative Commons licenties beschikbaar voor hergebruik. Meer hierover lees je op deze pagina.